Neudietendorf war und ist ein kirchlich geprägter Ort. Heute gibt es hier die Evangelisch-Lutherische Kirchgemeinde Neudietendorf, die aus den beiden Gemeinden Dietendorf und Neudietendorf hervorging und die Herrnhuter Brüdergemeine, eine evangelische Freikirche, auch bekannt unter dem Namen »Brüder-Unität«. Vielleicht kennen Sie die »Losungen«, die jedes Jahr im Frühjahr in Herrnhut gezogen werden und die eine weltweite Verbreitung finden.
Neben den evangelischen Gemeinden gibt es in unserem Ort auch die Römisch-Katholische Gemeinde St. Raphael.

Im Jahr 1742 erwarben Mitglieder der »Böhmischen Brüder« ein altes Rittergut mit einer dazugehörigen Siedlung am Ufer des Flüsschens Apfelstädt von dem Grafen Gotter, der dort vergeblich versucht hatte, eine Wollzeugfabrik zu etablieren. Zehn Familien ließen sich dort nieder und wollten nach dem Herrnhuter Vorbild leben. Mehrfach wurde die Gemeinschaft aufgegeben, weil es zu Unstimmigkeiten mit den lutherischen Landesherren kam. Erst 1753 gelang der nachhaltige Aufbau einer Brüdergemeine auf dem Boden des heutigen Neudietendorfes. Der erste Pfarrer konnte die Verbindung mit der Landeskirche festigen und zog mit seinen Predigten viele Menschen auch aus den Nachbarorten an. 

In den folgenden Jahren wurden sogenannte Chorhäuser für die ledigen Brüder und Schwestern gebaut, der Kirchsaal und verschiedene weitere Gebäude folgten. Noch heute ist dieser Teil des Ortes sehr von den Gebäuden der Herrnhuter Brüdergemeine geprägt.

_{(Quelle: »Die Kirche im Dorf« von Joachim Kreusel, in: Neudietendorf, Herausgeber: Gemeinde Neudietendorf, Kunstverlag Gotha, 2. Auflage 1999)}

Viele weitere evangelische Einrichtungen finden Sie in Neudietendorf: die Evangelische Akademie Thüringen, das Gemeindekolleg der Evangelisch-Lutherischen Kirche Deutschlands, den Kirchlichen Fernunterricht, das Mitteldeutsche Bibelwerk, die evangelische Tagungsstätte »Zinzendorfhaus«, das Pädagogisch-theologische Institut der evangelischen Kirche in Mitteldeutschland, die Regionale Studienleitung der Vikarsausbildung, das Medienzentrum und die Bibliothek der Evangelischen Kirche und den Bund evangelischer Jugend in Mitteldeutschland.